Епидемията от ебола, която вече затихна, има силни негативни ефекти върху горилите и шимпанзетата, живеещи в Африка. Към момента болестта представлява най-голямата опасност за изчезване на двата биологични вида, които са много лесно податливи. Смъртността при заболяване от ебола е 95% при горилите и 77% при шимпанзетата. За сравнение смъртните случаи при хората са 70%.
Епидемии от ебола в миналото са били причината за измиране на много горили. През 1995 г. болестта е сложила край на 90% от животните в парка Минкеке в Габон. През 2002 г. и 2003 г. жертви на ебола са 5000 горили в Конго. По данни на WWF всички горили, живеещи на свобода в момента, са около 100 000.
Ваксина срещу ебола за маймуни съществува и за разлика от човешкия си еквивалент работи ефективно и не води до никакви усложнения. Ваксинирането на всички шимпанзета и горили е невъзможна задача, но много други мерки биха помогнали за съхраняване на видовете. Ограничаването на достъпа на ловци до естествения хабитат на животните и контролирането на изсичането на гори биха разширили обитаваната от маймуните територия. Последното значително намалява шансовете за контакт между заразени и здрави животни.